与政府平行的是法院、监察院。
法院的架构变化不，但是在审判的时候部分还是使用清律例。随着江北商业活动越来越频繁，商业纠纷愈加复杂，这些纠纷在清律例里面很难找到依据。
淮海军现在是没有立法机构的，董书恒现在也不准备弄这个机构。他现在对淮海军的机构设置上还是本着实用、高效、廉洁这几个要点。
最近他让人翻译了很多国外的法典。其中拿破仑颁布的法国民法典最让他看中，都说拿破仑最的成就不是军事方面，而是颁布了一部民法典，果真如此。这部法典的立法理念非常先进，怪不得一百年后人们还能继续使用它。
董书恒也专门学习过法律，后世中国法律基本上承袭的德日的陆法系，殊不知法国才是陆法系的鼻祖。
董书恒认为中国以后还是要走陆法系的路线。像英国那样的普通法系，以判例为主，会导致培养法律人才的难度增，不符合当前中国的国情。
陆法系要培养一个法律人才只要学习法典，了解立法精神基本上就可以了。而普通法系，要培养法律人才，必须要有长时间的法律熏陶，或者实践让这个人能够从庞杂的判例中自己体会出审判的奥义，这就像是研究中国的玄学一般。
为了解决这个问题，董书恒跟约翰·塞纳合作建立的圣约翰学将专门成立一个政法学院。培养陆法系的人才，为今后建立完备的法律体系做好准备。
当然，远水解不了近渴，法学院的学生现在都还不知道在哪里呢。
就当前的问题，董书恒给的解决方法是“抄袭”。拿破仑法典中哪些法条能方便解决咱们现在的问题，那么就抄下来。一个法典太长，那就拆开它，把债法、合同法、物权法等单独抄出来，以淮海军法令的形式发布施行。
程序法上根据淮海军的实际情况编写一部诉讼法，也不分民诉刑诉了，简单的才稳脚跟，另一方面也方便桂中行立功升官。
同时利用剿匪，蔡树森和林威没收了量的恶霸地主土地。这些人跟土匪都有勾结，没有证据留给他造一个证据。这些土地会转交到农垦局手中变成淮海军的农场。
就这样，淮海军利用农场一步步地渗透山东。
吕飞燕手中的部队比较特殊，仍然称为太行纵队，之所以这么称呼就是为了不限制其编制。只要吕飞燕在太行的条件允许，理论上她可以不断地扩编部队。
各地的守备部队仍然以团为单位，但是根据需要重新划分防区，外围的县守备部队的密度相对会高一些。另外守备部队会根据需要随时设立，就比如上海的守备团。
这次主力部队扩编原来的一些守备团军官被回了主力部队。然后又从军校的毕业生中挑选人才重新安排入守备部队，这些新晋军官，将在守备部队，磨练一下，积累经验。
董书恒认为最优秀的军官应该到一线野战部队锻炼。守备部队算是二线部队，担任的作战任务相对轻一些。
海军方面由董书恒担任总司令，刘海担任副总司令。这次任命之后，刘海将在水师中调军官并且去沿海民兵中招募水兵，筹建南洋水师。
彭玉麟以副总参谋长的身份兼任长江水师的司令。
张强依然担任运河水师司令，不过今后运河水师的的活动范围将转移到山东境内的运河段。
马连奎担任太湖水师司令，在太湖西山岛上建设一个水军基地，这个驻地将驻守水师陆战队的一个团，辐射太湖沿岸地区。
最后，是建立两个军校，原来的陆军学堂在原址扩建为高邮陆军军官学校。
另外，在海洲成立一个海军军官学校，趁着现在还没有跟英法闹翻，从英法聘用海军教习，培养专业的海军军官。
董书恒不觉得向自己的敌人学习有什么不好。即使这个老师本性是坏的，只要他的知识是真的，就值得我们去学习，因为知识本身有没有善恶之分。
通过这次扩军，淮海军陆军野战部队将达到近四万人，这还不包括太行纵队。海军将拥有三个内河水师、一个远洋水师。
其实，董书恒也知道这么快速地扩军会影响到军队的战斗力，军官的能力也跟不上。
所以他要求即使是师级军官也要定期地参加军校学习。当然高级军官要学习的知识更多更广。
董书恒认为一个好的高级军官不仅要懂军事还要懂战略、懂政治。
有空的时候他也会给高级军官们上战略课、上国际形势课。军官们还要去学习国际政治、历史，研习国内外的经典战例。
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